Bereits 1244, also 18 Jahre nach dem Tod des hl. Franziskus von Assisi, kamen die Franziskaner nach Dortmund; ihr Kloster wurde 1805 infolge des Reichs-deputationshauptschlusses aufgehoben. Um die Seel-sorge an den polnischen Arbeitern zu unterstützen, kamen sie 1895 in den Osten der wachsenden Industriestadt Dortmund zurück. Am 04.10.1900, dem Fest des hl. Franziskus von Assisi, erfolgte die Grundsteinlegung der Kirche, die am 13.06.1902, dem Fest des hl. Antonius von Padua, geweiht wurde. Beide Heilige wurden zu Patronen der Kirche ernannt. Die neugotische Pfeilerkirche (Architekt Johann Franz Klomp) zieht bereits mit ihrer reich geschmückten Fassade Besucher in ihren Bann. Bereits 1911 wurde den Franziskaner der östliche Teil der Propsteige-meinde als Filialbezirk zugeschrieben; daraus entstand 1924 die Filialgemeinde St. Franziskus, die am 01. Januar 1959 zur selbständigen Pfarrei St. Franziskus und Antonius erhoben wurde.

2006 wurde die Pfarr- und Klosterkirche renoviert und zu einem lichten Gottesdienstraum umgestaltet. So wird die Gemeinde daran erinnert, dass Christus das Licht ist, das letztlich stärker ist als alle Dunkelheit, alle Sorgen und Nöte des Alltags. Gerade die großen Chorfenster (1987 von Nikolaus Bette entworfen) mit Darstellungen des Lebens der Patrone Franziskus von Assisi und Antonius von Padua, sowie mit Darstellungen der Spiritualität Bruder Jordan Mai unterstreichen diese Wirkung.

Im rechten Seitenschiff der Kirche befindet sich das Grab von Bruder Jordan Mai (1866 – 1922), der seit seinem Tod von zahlreichen Pilgern als Fürsprecher in allen Nöten verehrt wird. Gerade an seinem Todestag, dem 20. Februar, kommen alljährlich mehrere hundert Pilger, um seiner zu gedenken.

Verschiedene Dienste nehmen die Dortmunder Franziskanerbrüder wahr: die Gemeinde-pastoral, die Franziskaner – Mission, die Begleitung und Förderung der Bruder - Jordan – Pilger und die Betreuung ihrer alten und pflegebedürftigen Mitbrüder, die im Bruder – Jordan – Haus, einem Altenheim des Caritas – Verbandes unmittelbar neben dem Kloster, leben.